國立清華大學 生醫工程與環境科學系，起始於1956年原子科學研究所，為清華大學在臺復校時率先設立之研究所，1987年增設博士班，並於1992年新增大學部原子科學系。有鑑於智慧醫療、精準醫學、全球環境變遷，帶動生醫工程與環境科學產業蓬勃發展，為顯現本系跨領域學術專長和研究發展方向，落實產業需求，本系於2006年更名為生醫工程與環境科學系。

本系為臺灣歷史悠久著重於生醫工程領域之科系，自從諾貝爾物理獎第一屆得主侖琴發現X光，隨即展開醫學物理、保健物理、核子醫學之醫學應用，正式開啟生醫工程領域的啟蒙時代。早期本系以基礎物理為基石，進行原子科學在醫學診斷和治療方面之前瞻性研究與臨床應用。本系承續原子科學系扎實的基礎科學教育，並融合以工程思維解決問題能力的訓練方式，培育下世代生醫工程領域之領導人才。

因此，本系基於紮實的數學、物理、化學、生物、醫學之跨領域基礎教育，結合工程核心技術實作，注重於探究生醫學和環境上所面臨的重大議題，發揮在精準醫學領域。本系欲培養學生具備跨領域工程技術整合能力之領導人才，推動國家生醫與環境產業升級及強化研發能量。

『生醫工程領域』之教學和研究發展
    生醫工程領域主要著重於「分子生醫工程與材料」及「生醫影像工程」兩大重要主軸，旨在培育智慧生醫工程人才，提供生醫工程基礎與應用課程，落實物理、化學、工程、生物、醫學之跨領域基礎教育，並整合生醫工程所學相關知識，應用於臨床醫學之重要前瞻性議題。
    生醫工程在教學與研究上亟需跨領域合作與整合，生醫工程領域之師資背景，涵蓋「電機、資工、醫工、物理、化學、化工、材料、生化、生物技術、醫學、公衛」等。研究專長領域，包括「生醫材料、醫藥化學、藥物釋放、藥理毒理、組織工程與再生醫學、器官晶片與轉譯醫學、癌症治療、精準醫療、生醫資訊、基因流行病、預防醫學、生醫光電、生醫感測、生醫電子、電子電路、人工智慧、生醫訊號與影像、超音波影像與治療、神經科學、醫學物理」等。

「生醫工程與材料(甲組)」：搭配醫藥化學、免疫治療、藥物標的與釋放、基因與細胞工程的研究，應用於臨床上腫瘤治療、預防醫學與再生醫學，同時也發展奈米生醫光電和分子感測技術，結合藥理毒理及流行病學，達到疾病檢測、治療追蹤與預防。

「生醫影像工程(乙組)」：以核磁造影、核醫影像、超音波、超解析顯微鏡、光聲成像、人工智慧、電子電路，自主開發高精準度的感測、診斷與治療的醫療器材與儀器。除了醫療器材與儀器的設計開發，並結合藥物釋放、動物疾病/器官晶片模型、藥物代謝動力學等進階研究，研發先進醫學成像方法與醫學感測之技術。

『環境科學領域』之教學和研究發展
「環境分子科學(丙組)」：環境科學領域主要著重於「分析化學」、「生態與健康」及「綠色科技」三大主題，旨在提供一個具有整合、定量及跨領域的分子層級技術，研究環境中各類物質的流佈與反應特性。不同於傳統環境工程以污染防治處理技術開發，及環境科學以巨觀角度研究環境問題之方式，本系主要著眼於研究各類物質在化學物質與各界面間的微觀變化與反應特性。為符合微觀反應探求技術之開發應用，我們強調以奈米及超微量分析原理為基礎面向，利用新穎超微量分析技術，進行各類物質在環境中物理、化學與生物反應變化之研究，並結合綠色化學與永續發展之實際應用層面，開發污染預防與潔淨科技之新穎技術與環境應用。