本校自99學年起推出弱勢學生優先錄取措施，凡通過第一階段篩選之低收入戶生及身心障礙生，免經各系(班)第二階段甄選，至少保留1名額提供低收入戶及身心障礙生優先錄取之機會。
自105學年度起，本校個人申請管道全面優先錄取弱勢學生措施，對象包含低收入生、中低收入生、身心障礙生、特殊境遇家庭之子女，只要這類學生通過第一階段篩選，並完成第二階段複試，即可獲得錄取進入清華大學就讀，不限名額。